Cơ cấu tổ chức của Viện Bảo tồn di tích được quy định tại Quyết định số 2371/QĐ-BVHTTDL ngày 04 tháng 7 năm 2025 của Bộ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch, gồm:

1. Lãnh đạo Viện

Viện trưởng và các Phó Viện trưởng.

2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ

a) Phòng Hành chính, Tổng hợp;
b) Phòng Nghiên cứu, Tư liệu và Đào tạo;
c) Phòng Nghiên cứu tiêu chuẩn và công nghệ bảo tồn di tích.

3. Tổ chức trực thuộc

Trung tâm Tư vấn bảo tồn di tích.

Viện trưởng Viện Bảo tồn di tích có trách nhiệm quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn của các phòng, tổ chức trực thuộc; bố trí, sắp xếp viên chức và người lao động theo cơ cấu chức danh, tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ; xây dựng và ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Viện.